صفية خاتون من توجيه السياسة العثمانية كما تشاء ويقال أنها عملت على إدارة سياسة الدولة العثمانية نحو تقارب أكبر مع جمهورية البندقية.
كما أنها لم تنس أبدا أصلها الإيطالي وعملت دائما على تقوية الروابط بين إسطنبول والبندقية لصالح الأخيرة ولم يعارض السلطان مراد الثالث حركات وتطلعات مفضلته حيث سلم القيادة إلى أربع نساء والدته السلطانة نوربانو وشقيقته آسمات خاتون ووالدة ولي العهد صفية خاتون وجافيد خاتون المسؤولة عن إدارة وتنظيم أمور الحرملك.
مكن انسحاب مراد الثالث صفية خاتون من توسيع نفوذها بسرعة ليشمل القصور العثمانية الأجنبية بعد ۏفاة والدة السلطان نوربانا وطرد السلطانة آسمات وتقليص نفوذ كايا جافيد خاتون وامتدت سلطتها من الحرملك إلى أركان أخرى من حرملك الإمبراطورية العثمانية فدور صفية خاتون في إدارة السياسة العليا للإمبراطورية العثمانية في عهد السلطان مراد الثالث يأتي إلينا من إنجلترا البعيدة وفي أوروبا الغربية تغيرت سياسة الدولة العثمانية وتحركاتها النشطة وميزان القوى هناك.
كما عهدت القوات العثمانية بالتحالف مع القوات المغربية جيوش الحليف البرتغالي مع قوات البرتغال وكان مغربي المعارض للوجود التركي ومن النتائج المباشرة لهذه المعركة اغتيال الملك البرتغالي سيباستيان واڼهيار الإمبراطورية البحرية البرتغالية التي استغلت الملك الإسباني فيليب الثاني كامل بلاد البرتغال وضمھا إلى التاج الإسباني.
كانت الخطوة التالية التي اتخذها الملك الإسباني هي مهاجمة مملكة إنجلترا وضمھا إلى صليب الكاثوليكية بعد إعلان ثورته الإنجيلية ورغبات مدريد وروما البابوية لتوحيد أوروبا الغربية في كيان سياسي واحد لمواجهة خطړ العثمانية المتزايدة فعندما تولى السلطان مراد الثالث السلطة أراد أن يجعل صفية واحدة من أهم النساء في تاريخ الإمبراطورية العثمانية.
وفي ليلة 19 يناير 1595 كان السلطان العثماني مراد الثالث بمفرده على سريره يلفظ أنفاسه مفرده على سريره تسلل 18 عبدا للقصر إلى غرف أبنائه ال 18 وقتلوهم خنقا بسلك رفيع وأثناء حدوث ذلك كانت سلطانة صافية تحتسي القهوة بهدوء في جناحها الخاصة وعيناها ذات نظرات ثعابينة ثابتة ووجهها خشن هامد جاءها رئيس الخصيان غضنفر وأخبرها أن جميع الأمراء قد قتلوا.
ابتسمت مثل الشيطان ثم أمرته أن يضعها في توابيت ويخرجهم إلى الچنازة في الصباح مع والدهم السلطان مما جعل نوربانو تعمل على إعادة تنظيم الحرملك وخصصت غرفة للأمير محمد ووالدته صفية ليبقيا تحت عينيها وأنهما لم يتآمرا عليها واستطاعت صفية صاحبة الحيلة أن تواصل الحړب ضد خصمها نوربانو داخل الحرملك وټوفيت مسمۏمة عام 1583 على يد رجل من جزيرة جنوة.
ولضمان القضاء على أي منافسة مستقبلية للأمراء الذكور في القصر ابتكرت صفية بدع جديدة من حبل أفكارها الشريرة حيث ألغت القوانين القديمة التي تم بموجبها تعيين أمراء في ولايات مختلفة لتدريبهم على السياسة والحړب واستبدالهم بقانون جديد يعرف باسم أقفاص الأمراء الذي كان
يؤدي إلى حبس ذكور عائلة عثمان داخل
